张清华做客学术沙龙谈高通量测序

时间:2020-01-13 来源:www.ynsms.net.cn

11月29日,我校高通量测序平台负责人张清华受邀参加第94届学术沙龙,向学生介绍高通量测序平台的主要组成、图书馆建设和成本预测。

张清华以高通量测序平台宣言“我没有时间参与你的过去,我不会错过你的未来”开始演讲。

首先,张清华展示了平台使用的主要设备,包括超声波仪器、探测器、海信2000等。并详细介绍了海信2000,阐述了其三大优势,即高输出、超快数据处理速度和重复读取最多数据的能力。在介绍了该设备后,张清华解释了该平台的应用范围,包括脱氧核糖核酸重测序、从头测序、核糖核酸转录组测序、基因芯片测序等。张清华说:“我们有常规的试剂盒,如脱氧核糖核酸和核糖核酸,除了一些特殊的样品,大部分都可以用作高通量测序。”。“目前,我们涉及玉米、油菜、水稻等,累计数据量为7000。”张清华说测序会有错误,Q30,即准确率,是数据评估的标准。“Q30高于80%意味着可靠。我制作的最后一批Q30样品达到了91%,所以我们的数据仍然非常可靠,”张清华笑道。

随后,张清华介绍了图书馆建设的要点,并与同学们分享了他的实验经验。DNA文库的构建包括一系列步骤,如DNA片段化、末端展平、α的添加、TA克隆等。关键是甲基化。“如果关键点做得不好,它只能再做一次,”张清华说。在谈到样品制备的经验时,张清华从脱氧核糖核酸、核糖核酸和芯片脱氧核糖核酸(基因芯片测序)中逐一解释。以脱氧核糖核酸为例,样品应不含核糖核酸、蛋白质、离子、多糖和酚类,A260/280应介于1.8和2.0之间,A260/A230应介于1.7和2.5之间。核糖核酸和芯片脱氧核糖核酸要求同样高。张清华展示了合格测序结果和不合格结果之间的图像和数据差异。“起初只有十倍以上的浓度差异,但后来数据却有几十千兆的差异,”张清华老师严厉地说。

然后,张清华报告了其他一些人的研究结果,并说:“这些结果不是我关注的焦点,我关心的是他们使用了什么样的测序策略和数据库。”其中,张清华主要解释了关于胚胎发育中甲基化检测的文章,从而说明甲基化也可以通过测序平台来检测。“如果你对这个领域的实验和数据感兴趣,你可以去专业网站找到它。我非常愿意与您分享我的帐户。”看到每个人都有明显的求知欲,张清华说。

在互动环节中,学生们对高通量测序的方法和预算表现出极大的兴趣。张清华详细回答了学生们的问题。